星間歴０９９９・・・・。
亜空間生命体「ドゥーム」が侵略を開始した。
彼らの出現により宇宙空間に歪みが生じ、人類が開拓してきた
様々な星系は亜空間にのみこまれていった。
かろうじて逃れた人々は母星グラディウスを最後の拠点として反撃を開始した。

今、人類最後の希望を賭けて、２機の超時空戦闘機が発進する。
ビックバイパー、スーパーコブラ！
発進！！

【沙羅曼蛇デラックスパックプラス取扱説明書より抜粋】